Martin Stegner erlernte - nach vergeblichen Versuchen auf der Blockflöte- mit 8 Jahren Violine bei seinem Vater, selbst Bratschist bei den  Nürnberger Philharmonikern. Es folgte weiter Unterricht bei Lehrern in Nürnberg und München. In dieser Zeit begann er sich intensiv mit Kammermusik zu beschäftigen.
1989 begann er das Violinstudium an der Musikhochschule Mannheim bei Prof.Roman Nodel. Später entschloss er sich zur Bratsche zu wechseln und bekam ein Stipendium der Herbert von Karajan Akademie der Berliner Philharmoniker. Zahlreiche Meisterkurse unter anderem bei Wolfram Christ und Rainer Kussmaul rundeten sein Studium ab. Nach 3 Jahren als Solobratschist des Deutschen Symphonie-Orchester wechselte er zu den Berliner Philharmonikern.

Er konzertiert als Solist und Kammermusiker in Europa, Amerika und Japan, des weiteren ist er als Dozent beispielsweise für das Gustav Mahler Jugendorchester und das Orquesta Juvenil Centroamericana tätig und gab Kurse an der Yale University und der Musikhochschule Hanns Eisler in Berlin. Er setzt sich intensiv für die Erweiterung der Violaliteratur ein, zusammen mit der Pianistin Tomoko Takahashi erschienen mehrere hochgelobte CDs mit Liedbearbeitungen von Robert Schumann. 2018 veröffentlichte er seine erste Solo CD mit Bach Cellosuiten in einer Bearbeitung für Viola.


Dass Martin Stegner eher zu den ungewöhnlichen klassischen Musikern gehört, zeigt sich an seiner Arbeit an den verschiedensten musikalischen Projekten. Er spielte trat auf zahlreichen namhaften Jazzfestivals auf, spielte u.a. mit Thomas Quasthoff, Nigel Kennedy, Herbie Mann, Diane Reeves und Wynton Marsalis. Im Rahmen der Konzertreihe Jazz at Berlin Philharmonic arbeitete er mehrmals mit dem Posaunisten Nils Landgren zusammen. Er hob die Berlin Philharmonic Jazz Group aus der Taufe und gründete 2008 das Ensemble BOLERO BERLIN, wo er mit Solisten der Berliner Philharmoniker sich der Südamerikanischen Musik widmet. Bei ECM erschien 2015 ein Album zusammen mit der deutsch/ persischen Sängerin Cymin Samawatie.

Weitere Projekte verbinden Martin Stegner unter anderem mit Simon Stockhausen und dem chinesischen Sheng Virtuosen WuWei.
Sein Schaffen ist auf bisher 20 CDs dokumentiert.